據了解，查賬征收和核定征收是企業所得稅征收的兩種方式。按現行規定，財務會計制度較為健全的企業采用查賬征收，只有那些沒有設置賬簿或賬目混亂等原因難以查賬征收的企業才實行核定征收。但是，由于現行核定征收辦法規定不明確、不具體，稅務部門的自由裁量權太大，個別基層稅務局甚至將核定征收這一本應從嚴適用的管理方式當成了對企業變相減免稅的手段。
44戶企業少繳消費稅116.15億元
調查發現，酒和化妝品類生產企業通過關聯交易等手段明顯壓低產品出廠價從而少繳消費稅的情況比較突出，主管稅務機關也普遍未對企業做納稅調整；卷煙生產企業消費稅計稅價格雖然由國家稅務總局核定，但有些產品的計稅價格遠低于銷售企業的批發價格，消費稅流失現象仍然存在。抽查的52戶應稅企業中有44戶存在此類問題，2007年至2008年共少繳消費稅116.15億元。
審計署財政審計司負責人認為，現行消費稅制在征稅范圍設置、資源環境保護和征稅環節設計等方面還存在一些需要調整和完善的地方，從而導致消費稅稅基被侵蝕。比如，現行稅制規定，煙、酒、化妝品等產品的消費稅均在生產環節主要從價計征，但部分生產企業通過改變經營方式，設立獨立核算的銷售公司等方法，使一部分原本屬于生產環節實現的價值轉移到了流通環節。
超半數“兩高”企業竟享受稅收優惠
審計抽查287戶高污染、高耗能企業，發現有156戶屬應關停、淘汰、限制或環保不達標企業，占54%，2007年共享受稅收優惠19.01億元，占其同期入庫稅收的51％。
稅收優惠政策應體現國家環保、產業政策的要求，以達到有效遏制高污染高耗能行業過快增長，促進經濟結構調整和增長方式轉變，推動節能減排工作目標Cye.com.cn的實現。但目前，國家及有關部門在政策設計上，對符合產業政策、環保政策要求的行業、企業已經出臺了一些稅收優惠政策和鼓勵措施，卻普遍未對不符合國家產業政策和環保政策的行業、企業設置限制性條件，造成一些本應關停、淘汰和限制發展的“兩高”企業享受了大量稅收優惠。
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