由于“營改增”試點的推廣，現行分稅制體制將面臨巨大挑戰。
上海最先開始“營改增”試點時，規定了“試點期間保持現行財政體制基本穩定，原歸屬試點地區的營業稅收入，改征增值稅后收入仍歸屬試點地區，稅款分別入庫。”
實行“營改增”，保證了地方的原有利益，但隨著經濟增長，增量部分將進一步增強中央的收入能力，削弱地方政府的收入能力，特別是在全國推廣以后，將有可能進一步擴大中央與地方的收入差距。
1994年，分稅制徹底改變了以往按行政隸屬關系劃分財政收入的做法，在同時進行的全面稅制改革基礎上，根據事權與財權相結合的原則，按稅種劃分中央與地方稅收收入。將維護國家權益、實施宏觀調控所必需的稅種劃為中央稅；將同經濟發展直接相關的主要稅種劃為中央與地方共享稅；將適合地方征管的稅種劃為地方稅。
此后十幾年來，伴隨著經濟社會發展變化，中國在穩定分稅制財政體制基本框架的基礎上，進行了多次調整和完善。
其中之一是所得稅收入分享改革。為了改變按企業隸屬關系劃分各級所得稅收入的弊端，從2002年1月1日起，實行所得稅收入分享改革，將按企業隸屬關系劃分中央與地方所得稅收入的辦法改為中央與地方按統一比例分享所得稅收入。除鐵路運輸、國家郵政、中國工商銀行、中國農業銀行、中國銀行、中國建設銀行、國家開發銀行、中國農業發展銀行、中國進出口銀行等企業繳納的所得稅繼續作為中央收入外，2002年所得稅收入中央分享50%，地方分享50%；2003年起至今，所得稅收入中央分享60%，地方分享40%。
隨著多項稅制改革的進行，一些稅種（如農業稅、屠宰稅）被取消，一些稅種（如內、外資企業所得稅）合并，一些稅種（如車輛購置稅）新開征，但并沒有影響稅收劃分制度基本框架的變化。
稅制改革和分稅制體制改革，基本理順了稅收分配關系和中央與地方分配關系，在扭轉財政收入占國內生產總值比重逐年下降的同時，也大幅度提高了中央財政收入占全國財政總收入的比重，加強了中央的宏觀調控能力。
在肯定成果的基礎上，也需要正視分稅制現階段存在的問題，其中包含尚未解決的政府間財政縱向不平衡問題。中央財政收入扣除向地方財政的財力轉移以后，實際可支配財力比較低。例如，2010年中央財政支出48330.82億元，中央對地方稅收返還和轉移支付32341.1億元，占66.9%，中央實際支出僅占33.1%。其次，省級以下地方各級政府的財力狀況也存在不平衡，縣鄉基層財政困難是突出的表現。從省以下各級政府的財力狀況看，地級市政府集中了較大的財力。
而在稅收方面，政府間稅權劃分方面的改革尚沒有實質性的推進，地方政府的稅收管理權限過小，不利于地方政府因地制宜解決收入不足的矛盾。
隨著經濟和財源的發展變化，稅制改革已經變得越來越迫切，條件也越來越成熟，“營改增”由試點向全國推廣已經勢在必行。由此，現有的政府間收入劃分的分稅制財政管理體制也越來越不能適應改革形勢發展的要求，需要配合稅制改革同步進行。
完善分稅制財政體制的基本思路，原則上應以各級政府的事權范圍為依據，但要突破事權與財權相統一的束縛。政府行使事權，必須有相應的財力保障和政策工具。實行CYE分稅制，應當按照基本公共服務均等化的要求，縮小政府提供公共服務的差距，界定各級政府的事權范圍，事權需要的財力，測定各級政府的稅源能力，按稅源與履行事權需要的財力差額提供以一般性財力轉移支付為主的規范性轉移支付制度。
其次，減少預算級次，實現分級管理。傳統財政管理體制強調“一級政府，一級財政”，造成大量的資金浪費和基層財政資金的困難。在新一輪體制改革中應突破這一束縛，從制度上解決基層財政的困難。
另外，要賦予地方政府一定的稅權，擁有法定的固定收入來源和財力保障。因此，應當根據權責對等的原則，逐步健全地方稅體系，賦予省級政府適當的稅政管理權限。
最后，以稅種自身的特征為依據劃分稅種的歸屬級次。在稅種設置合理的前提下，原則上要把收入多、對國民經濟調控功能較強、與維護國家主權關系緊密、宜于中央集中掌握和征收管理的稅種或稅源劃為中央稅，例如關稅、增值稅、消費稅等。
稅源分散、宜于地方發揮優勢、不影響全國統一市場的稅種或稅源，可劃為地方稅，例如財產稅、車船稅、城市維護建設稅、耕地占用稅、契稅等；征收面寬、與生產流通直接相聯系、稅源波動較大、收入彈性大的稅種劃為中央與地方共享稅，例如所得稅、資源稅等。
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