（二）投資行業分布的差異。長期以來，臺灣的創業投資機構以高新技術產業為主要投資對象。以2010年為例，投資金額占總投資額比例為據，排名前五位的分別是光電（31.41%）、電子工業（13.07%）、半導體（11.8%）、其他制造業（10.90%）、生物科技與制藥（8.73%）,這五項共占總投資額的75%以上。近年來大陸創投對高新技術產業的投資持續走低，但投資重點仍主要聚集于高新技術產業。2010年高新技術產業投資金額所占比例為52.4%，傳統產業為47.6%。2010年投資金額最為集中的五個行業分別是傳統制造業（10.1%）、新材料工業（9.3%）、新能源和高效節能技術（8.3%）、金融服務（7.8%）、消費產品和服務（7.1%），這五項共占總投資的43%左右。顯然，大陸受到擴大內需等政策的影響，風險投資者傾向于大陸“反周期”性的傳統行業，比如基礎設施、餐飲、零售、醫療等關系民生的行業和低碳、節能、環保等新興產業。因此，海峽兩岸創投在行業的選擇上重點各有不同，這主要是由各自的產業分布和發展特點及相應的政策不同決定的。臺灣風險投資選擇的行業以高科技產業為主，而大陸則圍繞傳統產業和新興產業，兩岸創投業的錯位選擇構成兩岸風險投資合作的有利條件。
（三）投資階段分布的差異。國際上通常將接受風險投資的企業劃分為五個發展時期:種子期、創建期、擴張期、成熟期和重整期。通常投資于越早的時期，風險越大但回報率也越高。新世紀以來，大陸創業投資資本分布呈“中間大兩頭小”的特點。2010年大陸創業投資資本仍然集中在項目中后期，其中成長(擴張)階段的比例達到49.2%，成熟階段則占到了20.2%，對種子期和起步期的投資金額僅占27.6%。而在臺灣地區，在總體分布上，投資于各個階段的資本比例也是“中間大兩頭小”，而且其重點投資階段一直都處于擴充期。因此，兩岸的創業資本在投資階段有著向中后期發展的趨勢。
兩岸創業投資的優勢比較
臺灣地區在人才方面有明顯優勢。伴隨著臺灣地區風險投資30年的發展，其專業人才儲備豐富，不但熟悉國際資本市場，而且知曉產業發展新動向。在大陸，既熟悉國際資本市場和產業發展動向，又了解國內投資市場的創業投資人才屈指可數，供不應求，這導致專業投資經理流動過于頻繁，從而引起創投公司之間的惡性競爭和投資團隊的不確定性。
大陸則在市場方面擁有明顯優勢。大陸的科技成果和項目資源比較豐富。截至2010年底，中國創業風險投資機構累計投資8693項，其中投資于高新技術企業（項目）數達5160項。隨著金融海嘯的爆發和歐債危機的不斷演變，大陸經濟增長前景被普遍看好，加之政府提出“加強自主創新、建設創新型國家”的發展戰略，大陸未來案源儲量比較豐富。相形之下，臺灣島內電子、半導體等高科技產業日趨成熟，很難再發掘質量俱佳的風險投資產業。加之，資本市場低迷打擊了投資者信心，島內風險投資案源明顯不足。1996~1999年臺灣風險投資公司年均案例數為10.9件，2000~2006年為4.1件，2007~2010年僅為2.2件。
此外，政府部門在兩岸創投業的發展中扮演不同角色。在大陸，長期以來，政府部門主導創投業的發展，即早期的創業投資機構大都是政府直接或間接投資的，具有很強的“財政”背景，這導致其缺乏約束和激勵機制，資金使用效率低下，在一定程度上阻礙創投業的發展。隨著宏觀經濟環境的不斷改善、創業投資運行機制的逐步規范，政府的資金也逐漸剝離或淡出，并不斷引導民間資本進入創業投資領域，實現創業投資資本的多元化。而臺灣當局對創投業的發展則更多地采取引導的形式加以支持，通過制定完善的法律法規體系，營造良好的制度環境，引導其他各種形式的民間資本而不是由官方資本直接投入創投業，從而促進了創投業有序、快速發展，最主要的工具是是稅收減免和資金融通。
正因為海峽兩岸在發展階段、資金來源、投資情形、退出機制和優勢所在等方面的差異，海峽兩岸創業投資的合作，有利于兩岸創業投資拓寬資本來源，壯大資本實力；挖掘投資潛力，開拓投資市場；改善經營管理，優化投資效果；暢通退出渠道，實現投資目標。
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