1.2對企業的居民身份認定標準的沖擊
電子商務的興起，不僅會對收入來源國的稅收管轄權造成不利影響，也可能對居民身份國的稅收管轄權造成不利影響。因為電子商務使得跨國公司的居民身份認定變得困難。跨國公司可以比以往更容易地改變居民身份，以便利用國際避稅港或者通過濫用稅收協定進行避稅。
在各國現行稅法中，對于法人居民身份的認定標準主要有以下幾種：法人注冊地標準、總機構所在地標準、管理和控制地標準、控股權標準、主要營業地標準等。中國稅法對居民的認定采用了注冊地和總機構所在地雙重標準。《中華人民共和國涉外企業所得稅法實施細則》第5條規定，具備中國法人資格的企業和不具備中國法人資格但總機構設在中國境內的企業，均為中國的居民納稅人。
隨著電子商務的興起，遠程辦公和在線交易成為可能，物理空間上的集中不再成為公司經營管理上的必需要求。無論是出于實際經營的需要，還是出于避稅的需要，跨國公司在全球的分布都趨于分散。集團內部的各個子公司間的業務分工趨向垂直化，子公司表現得越來越像一個單獨的業務部門，而不是一個完整的公司。即便分處各國，各公司的管理人員也可以通過互聯網進行遠程的實時溝通。在這種背景下，傳統的總機構所在地標準、管理和控制地標準和主要營業地標準等依賴地理上的特征對法人居民身份進行判斷的標準就逐漸失去了其本來存在的意義。電子商務的高效性、匿名性和無紙化的特點使得公司可以輕易地選擇交易中商品所有權的轉移地和勞務活動的提供地，將交易轉移到稅率較低的收入來源國進行。或者通過調整公司結構的分布，使自己獲得本來不應擁有的居民身份，從而享受到某些稅收協定中的稅收優惠。
1.3對傳統的收入定性分類方法的沖擊
電子商務的興起使傳統所得稅法中對企業收入的定性分類變得困難。多數國家的稅法對有形商品的銷售、無形財產的使用和勞務的提供都進行了區分，并且制定了不同的課稅規定。
由于現代信息通訊技術的發展，書籍、報刊、音像制品等各種有形商品，計算機軟件、專有技術等無形商品，以及各種咨詢服務都可以被數據化處理并直接通過互聯網傳送，傳統的按照交易標的性質和交易活動的形式來劃分交易所得性質的稅收規則，對在互聯網上交易的數字化產品和服務難以適用。
由于對電子商務產生的所得難以分類，在現行的分類所得稅制下，對于此類收入應適用何種稅率和課稅方式就成為各國稅務機關面臨的問題。有關所得的支付人是否應依照稅法的規定在進行電子支付時履行源泉扣繳所得稅的法律義務，也變得難以確定。而在稅收協定的執行方面，對有關所得的定性識別差異還會引起跨國納稅人與締約國稅務機關之間在適用協定條款上的爭議。
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