一是上市公司的經營風險。創業企業經營穩定性整體低于主板上市公司，一些上市公司經營可能大起大落甚至經營失敗，因此其退市的風險較大。
二是上市公司誠信風險。創業板公司多為民營企業，可能存在更加突出的信息不對稱問題，完善公司治理、加強市場誠信建設的任務更為艱巨。如果出現大面積上市公司誠信問題，不僅會使投資者面臨巨大風險，也會使整個創業板發展遇到誠信危機。
三是股價大幅波動的風險。創業板上市公司規模小，市場估值難，估值結果穩定性差，較大數量的股票買賣行為就有可能誘發股價出現大幅波動，股價操縱也更為容易。從海外創業板Cye.com.cn市場發展經驗看，創業板市場的股價波動幅度顯著高于主板市場。在NASDAQ市場，我們熟悉的國內三大網站（新浪、網易、搜狐）在1999－2004年間都經歷過下跌時股價跌幅超過90％，上漲時股價漲幅超過20倍的情況。
四是創業企業的技術風險。將高科技轉化為現實的產品或勞務具有明顯的不確定性，必然會受到許多可變因素以及事先難以估測的不確定因素的作用和影響，存在出現技術失敗而造成損失的風險。
五是投資者不成熟可能引發的風險。我國投資者結構仍以個人投資者為主，對公司價值的甄別能力不高，抗風險能力不強，對創業企業本身的價值估計難度更大，容易出現盲目投資而引致投資損失風險。
六是中介機構服務水平不高帶來的風險。目前，包括保薦機構、會計師事務所、資產評估機構、律師事務所等社會中介機構，整體服務水平不高，勤勉盡責意識不夠，由于創業企業本身的特點，如果中介機構不能充分發揮市場篩選和監督作用，可能導致所推薦的公司質量不高。
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