首當其沖的是退出渠道問題。在電子發展基金的申請中標明要求，“在適當的時機，通過上市、購并、清算等多種方式退出風險企業。”但由于目前我國的資本市場、產權交易市場等還不完善，國內上市的門檻很高，剛成立幾年的企業要達到國內上市的要求很難。在這種條件下，境外上市成為部分創業投資退出的主要渠道。但境外上市對有政府股份的企業有嚴格的規定，使得海外上市難度增加不少。
“在不斷推進我國金融、證券市場改革的過程中，解決創業投資的退出機制問題成為當務之急。” 周子學司長說。
盈富泰克創業投資公司相關負責人介紹說，退出的渠道除了上市外，目前還可以通過“轉售”的方式來實現。今年盈富泰克投資的企業中有兩家企業向國家提交了在中小板上市的申請書。
政府創投的另外一個挑戰是如何發揮國家資金的引導帶動作用，解決創業投資來源單一的問題。國家明確提出，“鼓勵有關部門和地方政府設立創業風險投資引導基金，引導社會資金流向創業風險投資企業，引導創業風險投資企業投資處于種子期和起步期的創業企業”，還允許保險公司、證券公司等參與創業投資業務。雖然經過多年的發展，民間資本和外資創業投資業務有了一定的發展，但總體規模不大，政府或國有企業出資仍占主體地位。
出席電子信息產業發展基金創業投資暨“星光中國芯工程”成果報告會的全國人大副委員長許嘉璐指出，目前用于政府創投的資金還比較少。相關政府官員也指出，目前社會的存款和外匯儲備都比較巨大，這些錢如有部分參與到投資活動上，將對支持企業發展有重大作用。
“政府創投”的第三個挑戰是法規和稅收環境方面的制約。創業投資界一直在積極呼吁，國家應研究制訂有利于風險投資事業發展的稅收政策，重點解決重復納稅問題。這個問題不解決，創業投資事業就難以發展壯大。中央有關文件已經提出對創業投資企業“實行投資收益稅收減免或投資額按比例抵扣應納稅所得額等稅收優惠政策”，但政策落實需要一個過程。
信息產業部副部長婁勤儉在會議中對做好電子發展基金創業投資工作做出了部署: 一是進一步發揮電子發展基金的使用效益和引導推動作用，引導社會資金加大對信息產業的投入。二是深入總結經驗，積極探索發展創業投資的有效途徑和辦法。三是推動出臺創業投資的法律法規，為建立完善的制度體系做出積極貢獻。四是繼續加強與有關部委、有關方面的協調配合，形成工作合力。
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