總體上看，創業板企業的發行條件比中小企業板要更為寬松，兩個板塊的功能定位各有側重，不能簡單地把創業板理解為“小小板”。中小板主要服務于即將或已進入成熟期、盈利能力強、但規模較主板小的中小企業；而創業板是以自主創新企業及其他成長型創業企業為服務對象，這些企業的成長性特點突出，開始具備一定的規模和盈利能力，在技術創新、經營模式創新等方面非常活躍。
兩個板塊在制度設計上存在明顯差異。中小板是主板中相對獨立的板塊，在主板市場的制度框架下運行，在發行審核、交易制度等方面與主板一致；創業板Cye.com.cn在注重風險防范的基礎上，在發行審核制度、公司監管制度、交易制度等制度設計方面進行了更加市場化的探索和創新，以適應創業企業的特點與實際需求。
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