三、連鎖經營納稅處理方式存在的問題及改進建議
（一）直營連鎖經營企業所得稅納稅處理過于繁瑣
根據《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發[2008]28號）、《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法》（財稅[2008]10號）、《關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）和《關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理有關問題的通知》（國稅函[2008]747號）的有關規定，企業所得稅實行“統一計算，分級管理，就地預繳，匯總清算，財政調庫”的辦法。之所以這樣做，是考慮到Cye地區財政利益分配問題，連鎖經營企業所得稅（其他中央和地方共享稅種亦如此）納稅地點直接影響到地方財政收入，為了平衡地方財政利益，才作出了上述納稅程序調整。但這一方法，對應當匯總納稅的直營連鎖企業來說，相比增值稅直接由總店納稅的簡單程序，納稅程序不僅過程繁瑣，而且計算復雜，會計核算工作量大，門店分布區域越多，涉及的稅務和會計人員越多，增加了納稅人的納稅成本，征稅效益極低。
（二）直營連鎖經營企業內部調撥商品物資繳納增值稅的問題
根據《增值稅暫行條例實施細則》規定，設有兩個以上機構并實行統一核算的納稅人，將貨物從一個機構移送其他機構用于銷售的，視同銷售貨物，應當繳納增值稅，貨物移送當天為納稅義務發生時間。
直營連鎖由總店統一納稅，會計上由總店統一核算，貨物由總店采購和配送，而門店一般不具有法人主體資格，只是作為總店的一個銷售機構，另外，還會出現門店之間相互調撥貨物余缺，向配送中心退回貨物等情況，根據《增值稅暫行條例實施細則》規定，直營連鎖經營企業內部調撥商品物資應視同銷售繳納增值稅，這些內部調撥商品的情況導致計算繳納增值稅非常復雜。同時由于內部一進一銷單純的配送并未使貨物發生增值。為此，筆者建議，鑒于直營連鎖經營的特殊性，對直營連鎖經營企業內部調撥商品物資不繳納增值稅。
（三）跨國連鎖企業繳稅問題
對于外資在我國開設連鎖企業的，《關于連鎖經營企業有關稅收問題的通知》（財稅[2003]1號）明確了外資企業跨區域連鎖經營的，不區分連鎖形式，統一實行由總機構向其所在地稅務機關統一繳納企業所得稅的方式。但是對自愿連鎖和特許連鎖的加盟連鎖門店除了有外資品牌和管理背景之外，和其他內資特許連鎖門店并沒有任何區別，如果還是由總店統一納稅，筆者認為這一規定既不合理，也不現實，應比照獨立核算方式下由各分店就地繳納企業所得稅。
對我國企業在境外設立分支機構的，境外機構已在所在地納稅，我國稅法允許其在國內限額抵扣，但境外機構的虧損不得抵扣境內機構的所得額。企業所得稅法為了避免企業變相轉嫁境外虧損，采取了一律不得在境內扣除的辦法，這樣做實際上是提高了企業的稅負。
鑒于上述問題，筆者建議相關部門應充分考慮到連鎖經營形式的特點，適應連鎖企業迅速發展的要求，加快出臺相關的既有利于方便企業納稅，降低企業稅負，又能最大程度防止企業逃避稅款的專門稅收規定，以促進連鎖經營企業的發展，為國家創造更多的稅收利益。
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