一、不同連鎖經營形式適用不同的會計核算方式
所謂連鎖經營是指經營同類商品、使用統一服務標識的若干門店，在同一總部的管理下，采取統一采購、統一配送、統一服務標準、統一形象、統一運營系統等方式從事經營，實現規模效益的商業組織形式。連鎖經營主要有直營連鎖、特許連鎖、自愿連鎖等形式。
直營連鎖是指由總部直接投資、服從總部絕對控制的分店、分公司、區域總部等構成的經營體系；在直營連鎖體系中，總部對各門店的人、財、物及商流、物流、信息流等方面實施統一管理。特許連鎖是以商業特許經營方式組建的連鎖經營體系，它是指由擁有技術和管理經驗的總部，指導傳授連鎖店各項經營的技術經驗，并收取一定比例的權利金及指導費，此種契約關系即為特許連鎖。自愿連鎖是指在某一龍頭企業的統率下，一些中小零售企業通過自愿加盟的方式組成的經營聯合體，自愿加盟體系中，商品所有權是屬于自愿連鎖的店主所有，而系統運作技術及商店品牌的專有信息則歸總部持有。
連鎖經營企業的會計核算由于連鎖經營企業的經營方式不同，其會計核算的方法也不相同。目前，依照連鎖經營商業企業經營規模和經營范圍的大小，可以分為統一核算和獨立核算兩種方式。
直營連鎖形式下的連鎖經營企業通常采用統一核算方式。總部（含集團公司或總公司）實行獨立的、統一的會計核算，分店（含子公司、分公司）不單獨進行會計核算，經營中發生的各項經營費用，均向總部報賬核銷，分店的所有賬目必須并入總部或地區總部賬目，同時分店應根據管理的需要設置必要的輔助賬簿，并定期與總部或地區總部對賬，分店所有的資產、負債和損益，都歸總部或地區總部統一核算。
特許連鎖和自愿連鎖方式下的連鎖經營企業通常采用獨立核算方式。獨立核算方式是指總部和分店都是獨立核算的會計主體，獨立設置會計機構分別進行核算，并各自獨立編制會計報表的核算方法。特許連鎖和自愿連鎖方式下，由于總部不給分店投資，所以各分店不需要上繳利潤，只需要向總部支付一定的特許權使用費，所以采用獨立核算方式比較合適。
二、不同的會計核算方式適用不同的納稅處理方式
連鎖經營商業企業涉及的大稅種主要有增值稅和企業所得稅，但是國家對連鎖經營企業的增值稅和企業所得稅納稅處理的相關規定一則極為有限，二則已出臺的相關政策難以跟上連鎖經營的迅猛發展。
對于連鎖經營企業增值稅的繳納，新的增值稅暫行條例頒布之后，國家有關部門還未出臺相關規定。而在財政部、國家稅務總局《關于連鎖經營企業有關稅收問題的通知》（財稅[2003]1號）中規定，在省、自治區、直轄市、計劃單列市內跨區域經營的統一核算的連鎖企業，需要實行由總機構向其所在地主管稅務機關統一申報繳納增值稅的，按照財政部、國家稅務總局《關于連鎖經營企業增值稅納稅地點問題的通知》（財稅字[1997]97號）的規定。財稅字[1997]97號規定，直營連鎖企業經稅務機關會同財政部門審批同意，即可由總店向其所在地主管稅務機關統一申報繳納增值稅。同一地區和城市的直營連鎖企業，實行“總部——分店”管理模式。總部對分店的商品配送，作為內部移庫處理，統一核算，統一申報繳納增值稅。跨地區經營的直營連鎖企業，可在非總部所在地區或城市設置地區總部，實行“總部——地區總部——分店”的管理模式。總部對地區總部的商品配送，作為銷售處理，由總部統一核算，統一向總部所在地主管稅務機關申報、繳納增值稅。對自愿連鎖和特許連鎖企業，各門店獨立核算，分別向所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。
對于連鎖經營企業所得稅的繳納，財政部、國家稅務總局《關于連鎖經營企業有關稅收問題的通知》（財稅[2003]1號）規定，對省內跨區域設立的直營門店，由總部統一繳納企業所得稅，而對于自愿連鎖和特許連鎖，則由門店就地預繳。
由此可見，直營連鎖和其他連鎖形式在納稅方式上并不同，這是由于連鎖方式不同而帶來的管理和核算方式上的差異造成的。直營連鎖采取由總部統一納稅，主要是因為門店與總部統一經營、聯網銷售、統一采購配送、統一核算，匯總納稅使得各門店的虧損互相彌補，尤其是在繳納企業所得稅時有利于企業匯總計算扣除標準，可以減輕整個企業的整體稅負。而自愿連鎖和特許連鎖則不同，由于這兩種連鎖形式總店對門店的控制權弱，門店在會計上采用獨立核算法，總店并不參與門店的經營，不分擔門店的盈虧，只按合同收取加盟費或特許權使用費并給予技術支持，因此，采取由門店單獨納稅的方式比較妥當。
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